A raíz de la guerra de Coto, nace en 1921 la compañía Juana de Arco del Batallón del Istmo. Estaba formada por jóvenes estudiantes que deseaban tomar armas para defender a su patria bajo la instrucción del sargento Manuel de Jesús Miranda y Viñas. El nombre de la compañía surge en honor a Santa Juana de Arco, heroína francesa que dio su vida por la libertad de su patria. La participación de la compañía de Juana de Arco no fue necesaria en la guerra debido a que se firmaron acuerdos antes que los estudiantes terminaran su preparación.

Para que todo el esfuerzo no fuera en vano, la compañía de Juana de Arco solía realizar presentaciones de movimientos de precisión con los rifles y sables dentro de los predios del Colegio. Su acogida fue tan buena que más tarde se unió a la banda de guerra del Colegio (fundada en 1911) para hacer presentaciones en los desfiles patrios y otros eventos externos. Así se inicia la tradición del Batallón Juana de Arco (BJA), el cual lleva más que historia lasallista, historia patria.

En 1968 esta tradición tuvo un período de adormecimiento debido al golpe de estado, hasta que en 1970 el Sr. Johnny Alberto Hughes Calvo (q.e.p.d.) , ex alumno lasallista y ex miembro del BJA, lo reagrupó e inició nuevamente sus prácticas y presentaciones. Debido su incansable trabajo y dedicación en beneficio del BJA, se le otorga a Johnny Hughes el título exclusivo de Comandante en Jefe del Batallón Santa Juana de Arco.

En 1981 el Colegio se convirtió en un colegio mixto y se le permitió a las jóvenes que desearan formar parte del batallón incorporarse a una nueva compañía de batuteras. Esta primera compañía fue entrenada por estudiantes del Colegio María Inmaculada.

En 1996 el BJA cumple sus 75 años de fundación.

En 1997 se incorpora al BJA la banda de música, siendo este su último cambio.

El 28 de marzo de 1998 el BJA sufre la terrible perdida de su instructor Johnny Hughes. Actualmente los instructores del Batallón Juana de Arco son: el Sr. Reynaldo Morales y la Sra. Soraya de Morales.

El 3 de noviembre de 1998, como homenaje póstumo, se inaugura la Sala Johnny Hughes, que alberga los instrumentos y documentos del Batallón

Hoy, el Batallón Santa Juana de Arco forma parte de la historia del Colegio y de Panamá por más de 75 años. Es importante que los lasallistas seamos conscientes de la labor que hay en nuestras manos por mantener esta tradición viva, en memoria de sus fundadores, en honor a nuestra Patria y en homenaje a quien dedicó 28 años de su vida a esta tradición, el Comandante en Jefe del Batallón Juana de Arco, Johnny Hughes.